Gimnazijos ištakos
Gimnazija 1899 m.
Įsteigus Kaune gubernijos centrą,1843 m. iš Kražių perkelta gimnazija, kuriai patvirtinamas gubernijos gimnazijos statusas. 1863 m. ji perkeliama į naujai pastatytus rūmus (dabartinis Maironio universitetinės gimnazijos pastatas). Kauno gubernijos gimnazijoje mokėsi daug garsių žmonių: matematikas bei fizikas Hermanas Minkovskis, jo brolis fiziologas ir gydytojas Oskaras Minkovskis, kalbininkas Kazimieras Jaunius, aktorius bei režisierius Konstantinas Glinskis, buvęs Užsienio reikalų ministras Kazys Lozoraitis ir kiti Lietuvos kultūrai ir mokslui nusipelnę žmonės. 1873–1883 m. mokėsi ir gimnaziją baigė tautos atgimimo dainius Jonas Mačiulis-Maironis.
Gimnazija XX a. pradžioje
Gimnazija po rekonstrukcijos
1909 m.pasikeičia gimnazijos pastatas: pristatomas trečiasis aukštas.
Kilus Pirmajam pasauliniam karui, gimnazija buvo uždaryta. Jos kanceliarija perkelta į Smolenską. 1920–1922 metais dabartiniuose gimnazijos rūmuose veikė Aukštieji kursai, davę pradžią Kauno aukštųjų mokyklų susikūrimui. 1920 m. šiame pastate vyko Lietuvos Respublikos Steigiamojo Seimo posėdis, dirbo I–III Seimai. 1913 m. gimnaziją baigė Nepriklausomybės Akto signataras, Steigiamojo Seimo atstovas Kazys Bizauskas.
„Aušros“ mergaičių valstybinės gimnazijos laikotarpis
1927 m. rugsėjo 1d. čia įkurta „Aušros“ mergaičių valstybinė gimnazija, kuri veikė iki 1940 metų. Tai vienas ryškiausių mokyklos istorijos etapų. Gimnazijoje veikė 14 klasių: 8 humanitarinės ir 6 komercinės. Mokėsi 573 mokinės. Komercijos klasėje, be bendrojo lavinimo dalykų, buvo dėstoma buhalterija, mašinraštis ir kiti komerciniai dalykai, o humanitarinėse klasėse – sustiprintas kalbų, literatūros ir istorijos mokymas.
Gimnaziją baigė daug įžymių žmonių – tai archeologijos mokslų daktarė Marija Alseikaitė-Gimbutienė, istorijos mokslų daktarė Rimutė Jablonskytė-Rimantienė, aktorės Monika Mironaitė, Ona Knapkytė ir daugelis kitų.
Gimnazija sovietiniais metais
1940 m. dalis „Aušros“ gimnazijos mergaičių perkeliama į Kauno 1-ąją vidurinę mokyklą, o į jų vietą atkeliami berniukai. Buvusi gimnazija pavadinama Kauno 2-ąja vidurine mokykla. 1941 metais prasidėjus karui, lietuviškos mokyklos tampa gimnazijomis. Kauno 2-oji vidurinė mokykla vadinama 2-ąja mergaičių gimnazija. 1949 m. rugsėjo 1d. Kauno 2-oji mergaičių gimnazija tampa 2-ąja vidurine mergaičių mokykla, o nuo 1954 m. – ji vėl mišri.
Su Maironio vardu
Maironio gimnazija 2005m.
1989 m. kovo 22 d. mokyklai suteiktas Maironio vardas. Puoselėjant senąsias tradicijas, kuriamos naujos:
- 1989 m. spalio 28 d. pradeda veiklą Lietuvos maironiečių draugija (Maironio gimnazija – vienas šalies draugijos koordinacinių centrų, Kauno apskrities draugijos centras);
- 1993 m. Kultūros ir švietimo ministerija patvirtino mokyklai humanitarinį profilį;
- Nuo 1994 m. rugsėjo 1d. sustiprintai pradedama mokyti gimtosios kalbos;
- Nuo 1996 m. gegužės 30 d. mokyklai suteiktas humanitarinės gimnazijos klasių statusas;
- 199 6m. rugsėjo 1d. pradėtas įgyvendinti antrasis – realinis ekonominės pakraipos – profilis;
- Nuo 1998 m. rugsėjo 1d. sustiprintai pradedama mokyti anglų kalbos;
- 2000 m. gegužės 25d. Švietimo ir mokslo ministerijos kolegija suteikė mokyklai dviejų profilių – humanitarinio ir realinio – gimnazijos statusą;
- 2010 m. liepos 9 d. Kauno miesto savivaldybės tarybos sprendimu gimnazija pavadinta Kauno Maironio universitetine gimnazija.